Факультет інформаційних та транспортних систем і технологій був заснований в 1998 році.
З першого дня існування факультет очолює доктор технічних наук, професор Мороз Борис Іванович.
Основну навчально-методичну, науково-дослідну та організаційно-виховну роботу виконують фахівці кафедр:

• Інформаційних систем та технологій
• Транспортних систем та технологій
• Товарознавства та митної експертизи
• Вищої математики і інформатики
• Фізичного виховання

Навчальний процес проводиться за програмами, які відповідають світовим та державним стандартам. Курсанти працюють у комп’ютерних класах з сучасним технічним та програмним забезпеченням, що сприяє підготовці висококваліфікованих фахівців.
На кафедрі впроваджено заняття зі спеціальних дисциплін у комп’ютерних класах, обладнаних зразками ПЕОМ з різноманітною периферією. У навчальному процесі широко застосовуються різноманітні технічні засоби.
Ведеться підготовка фахівців для інформаційно-аналітичних відділів, для відділів, діяльність яких пов’язана з розробкою, модернізацією та створенням нових систем та підсистем в Єдиній автоматизованій інформаційній системі Державної митної служби,телекомунікаційних систем, а також пов’язана з митними технологіями.
Кафедру “Інформаційних систем та технологій” очолює доктор технічних наук, професор Мороз Борис Іванович.Кафедра має високий навчально-методичний, науково-дослідний потенціал та займає одне з провідних місць на факультеті. Рівень підготовки дозволяє випускникам АМСУ за спеціальністю “Інформаційні управляючі системи та технології ” працювати на всіх підприємствах та в організаціях, які займаються розробкою та експлуатацією інформаційних систем.
Кафедру товарознавства та митної експертизи очолює доктор біологічних наук, професор Білова Наталія Анатоліївна.
На цій кафедрі створена і обладнана сучасними приладами митна лабораторія експертизи промислових та продовольчих товарів “CITES”, лабораторія екологічного моніторингу товарів, що підлягають митному контролю.
Кафедра бере участь у розробці програми “CITES” про заборону експорту, реекспорту та імпорту диких видів флори та фауни, зникаючих популяцій, які занесені в червону книгу України.
Викладачі кафедри беруть участь у виконанні програми США з курсу “Ідентифікація товарів, пов’язаних з виробництвом зброї масового знищення”.
Кафедру транспортних систем та технологій очолює доктор технічних наук, професор Головінов Генадій Георгійович.
Після закінчення Академії за спеціальністю “Транспортні системи” випускники працюють у структурних підрозділах Державної митної служби України, в митних органах, спеціалізованих митних установах та організаціях, у науково-дослідних установах транспортного спрямування, на підприємствах транспорту (морські порти, автопорти, залізничні станції та інше), у транспортних відділах організацій та підприємств, в органах державного регулювання транспорту, у міжнародних транспортних організаціях.
Розпочинаючи з 1 курсу курсанти Академії проходять різноманітні види практик. Навчальна практика проходить на базі комп’ютерних класів Академії, а з 2 курсу практики проходять безпосередньо в установах митної служби.