Академія митної служби України (далі – Академія) – це спеціалізований вищий навчальний заклад з підготовки фахівців для сфери зовнішньоекономічної діяльності, насамперед митної справи. Академію засновано 11 червня 1996 р. Указом Президента України № 412/96. У 1997 р. відбувся перший набір курсантів на денну форму навчання та слухачів – на заочну. Створення вищого навчального закладу відбувалось за безпосередньої участі її фундаторів: Леоніда Васильовича Деркача та Петра Панфіловича Падуна.

Значна частина життєвого шляху Л.В. Деркача пов’язана з м. Дніпропетровськ, де він народився 1939 р., та Дніпропетровщиною. Після закінчення (1970 р.) фізико-технічного факультету Дніпропетровського державного університету (нині Дніпропетровський національний університет ім. Олеся Гончара) працював старшим інженером-технологом Південного машинобудівного заводу, заступником директора Павлоградського механічного заводу.

З 1972 р. Л. В. Деркач проходить служив в органах КДБ. Пройшов шлях від оперуповноваженого обласного Управління до начальника Павлоградського міського відділу УКДБ та заступника начальника Дніпропетровського обласного Управління СБУ, першого заступника голови СБУ.

У 1995–1998 рр. Леонід Васильович Деркач – Голова Державного митного комітету України (з 1996 р. – Державна митна служба України). Саме у цей час Л. В. Деркач ініціює створення Академії як єдиного у країні вищого навчального закладу з підготовки фахівців для Державної митної служби України.

Спираючись на підтримку органів державної влади, Л. В. Деркач успішно вирішує питання створення навчально-матеріальної бази Академії, курсантських гуртожитків, активно допомагає призначеному за його рекомендацією першому ректору Академії Петру Панфіловичу Падуну вирішувати важливу справу забезпечення вищого навчального закладу висококваліфікованим професорсько-викладацьким складом. 3 квітня 1998 р. Л. В. Деркач – Голова Служби безпеки України, 2002 р. його обрано народним депутатом України 4-го скликання по виборчому округу № 36 Дніпропетровської області. Продовжує плідну діяльність щодо подальшої підтримки й розвитку створеного за його участі вищого навчального закладу на громадській посаді Голови Наглядової ради Академії.

Зі створенням Академії митної служби України нерозривно пов’язано ім’я Петра Панфіловича Падуна, її першого ректора (1996 – 2004 рр.). Петро Панфілович Падун народився 3 квітня 1939 р. в селі Тарасівці Межівського району Дніпропетровської області, в сільській родині. Пройшов шлях від рядового колгоспника до відомого вченого, професора, заслуженого працівника освіти України. Науково-педагогічну діяльність П. П. Падун розпочав 1967 р. у Дніпропетровському державному університеті, де отримав вищу освіту й майже 30 років працював, пройшовши шлях від стажиста-дослідника до проректора з навчальної роботи. Після призначення на посаду ректора Академії Петро Панфілович поставив для себе надзавдання: створення елітного відомчого навчального закладу Державної митної служби України. Весь його робочий і вільний час присвячувався реалізації цього проекту. В Академії було сформовано висококваліфікований кадровий потенціал, розроблено навчально-методичне забезпечення з урахуванням митного спрямування, організовано науково-дослідну роботу, відкрито аспірантуру, комп’ютеризовано навчальний процес із використанням мережі Інтернет, створено видавничу базу, сформовано бібліотеку з найсучаснішим фондом навчальної та наукової літератури, зміцнено матеріально-технічну базу. Усе це створило умови для акредитації Академії відповідно до рішення Державної акредитаційної комісії від 13 квітня 2004 р. за ІІІ освітнім рівнем, а 25 лютого 2010 р. за IV освітнім рівнем.